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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR GDEC

UMR 1095 Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales

Paléogénomique et Evolution (PaléoEvo)

Introduction

Arbre évolutif

L’équipe PaleoEVO mène des travaux dans le domaine de la paleogénomique qui visent à comprendre l’évolution des espèces modernes polyploïdes à partir de l’analyse des génomes ancestraux. La première approche réside dans la modélisation informatique de génomes ancestraux de plusieurs millions d’années à partir de la comparaison des génomes modernes, i.e. on parle de paleogénomique in silico (cf Macro-évolution illustration ci-dessous). La deuxième approche consiste à séquencer l’ADN d’espèces ancestrales disparues depuis plusieurs milliers d’années à partir de restes fossiles, i.e. on parle de paleogénomique par ADN anciens (cf Micro-évolution illustration ci-dessous). La troisième approche consiste à étudier sur quelques générations l’évolution de polyploïdes synthétiques sous contraintes, i.e. on parle d’évolution expérimentale (cf Neo-évolution illustration ci-dessous). Le décryptage du génome des ancêtres des espèces polyploïdes modernes permet de mettre en évidence les mécanismes génomiques ayant participé à leur diversification et adaptation aux contraintes environnementales. D’un point de vue de la recherche finalisée, les travaux de paleogénomique permettent de transférer les connaissances acquises des modèles aux espèces d’intérêt agronomique, on parle de recherche translationnelle.

Objectif scientifique: Etude des génomes ancestraux pour comprendre les mécanismes d’adaptation des espèces polyploïdes.

etiquette1

MRCA: plusieurs millions d’années
    → reconstruction d’ancêtres

Modélisation de la plasticité génomique post-polyploïdie conservée en espèces modernes (2x vs Nx).

etiquette2

aDNA: 1000 à 10000 ans
    → séquençage d’ADN ancien

Accès à la plasticité génomique post-polyploïdie perdue par l’étude des restes archaeobotaniques (mDNA vs aDNA).

etiquette3

Synthétique: 10-100 ans,
    → re-synthèse de polyploïdes

Création de la plasticité post-polyploïdie de novo par les polyploïdes synthétiques (Nat. vs Synt.).