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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR GDEC

UMR 1095 Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales

3. Constitution de sous échantillons parmi les collections en vue d’études ciblées.

Objectif : définir des sous échantillons ciblés pour des essais agronomiques

Il peut être utile, pour des raisons de coût expérimental et/ou de contraintes techniques, de disposer de sous échantillons d’accessions choisies dans les collections de base du CRB, et susceptibles de rassembler un optimum de diversité  dans un nombre raisonnable d’accessions (concept de core collection). En 2007, nous avons ainsi pu proposer au public une core collection de blé tendre de faible taille (372 accessions), construite selon une méthodologie d’échantillonnage basée sur une maximisation de la diversité neutre (Balfourier et al, 2007). Cette core collection de blé tendre, nommée 372CC a été depuis distribuée comme matériel d’étude dans une quinzaine de projet de recherche différents, afin d’en étudier la diversité pour des cibles très variées, comme la qualité rhéologique du blé (Bordes et al, 2011) (projet FUI SDD), la précocité (Rousset et al, 2011 ; Le Gouis et al, 2012 ; Bogard et al, 2014) (ANR WHEATGROWTH), la tolérance aux faibles niveaux d’intrants (Bordes et al., 2012) (FSOV), la valeur santé du grain (Jallais et al, 2012) (ANR NOMAC), la composition protéique du grain (Plessis et al, 2013) (FUI QUALITNBLE), la couleur de la farine (Ravel et al,2013) ou encore des caractères comme la hauteur ou les besoins en vernalisation (Wilhelm et al., 2013a, 2013b). Génotypée à l’aide de la puce Breedwheat TaBW280K SNPs , cette core collection est encore largement diffusée aujourd’hui, en dépit du fait qu’une partie d’entre elle, trop exotique, est difficilement « cultivable » dans les conditions françaises.

Dans le cadre du PIA Breedwheat, un second sous échantillon indépendant d’accession a été défini afin de disposer d’accessions plus facilement cultivables, permettant de mettre en place sur le terrain des expérimentations agronomiques destinées à développer des études de génétique d’association. Parmi les 4600 blés du projet génotypés sur la puce TaBW280 K SNPs, un premier set de 1340 accessions candidates a donc été défini selon des contraintes de précocité et de hauteur de plantes. Puis, après avoir testé différentes stratégies d’échantillonnage, un sous échantillon de 450 accessions a été retenu parmi ces 1340, selon une méthodologie de réduction du déséquilibre de liaison (Minimal SD Subset sampling strategy, MSDS). Cet échantillon d’accessions, appelé BWP3, sert aujourd’hui de panel d’association, dans le cadre du PIA Breedwheat sur des cibles variées (sècheresse, azote, fusariose, septoriose). Il a également été retenu comme matériel de travail dans de nombreux projets en cours de démarrage en 2019 impliquant d’autres équipes de l’Unité (projets FSOV  DéBAT Analyse de Diversité d’un Panel de Pré-breeding de Blé tendre par une Approche Transcriptomique (équipe SEVEN) ; FSOV Ex-IGE sur les aspects de rendement en conditions de stress contrastées et sur des aspects de qualité du grain (équipe DGS) ; FSOV Archirac sur l’architecture racinaire (équipe BIANCA).

Enfin, dans le cadre du projet européen FP7 Whealbi, projet coordonné par l’Unité, destiné à l’étude de la diversité du blé et de l’orge en vue d’en améliorer la sélection, nous avons largement contribué à la définition du panel blé. Au total, un échantillon de 512 accessions de blé tendre  a été constitué, puis multiplié, afin d’être distribué aux différents partenaires du projet. Ce panel, aujourd’hui conservé au sein du CRB sous forme d’un biorepository, a fait l’objet d’une large description de sa diversité tant au niveau de caractères d’intérêt agronomique, qu’au niveau de séquences obtenues par capture d’exome (Pons et al, 2019). Il est désormais à la disposition de la communauté scientifique pour des études complémentaires.