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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR GDEC

UMR 1095 Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales

Travaux de paleogénomique et séquençage des gènes

2 nouvelles publications pour l'équipe PaléoEvo !

Pont C, Wagner S, Kremer A, Orlando L, Plomion C and Salse J.

Paleogenomics: reconstruction of plant evolutionary trajectories from modern and ancient DNA.

GENOME BIOLOGY (Numéro spécial ‘Evolutionary genomics’) https://doi.org/10.1186/s13059-019-1627-1

Cet article d’opinion présente les travaux de paleogénomique chez les plantes permettant d’élucider les mécanismes d’évolution des génomes via l’étude des génomes ancestraux disparus. Ces génomes ancestraux peuvent être décodés par reconstruction (génomique comparée) à partir des espèces modernes ou par le décryptage de l’ADN ancien (aDNA) de restes archéobotaniques. Ces deux approches, complémentaires dans les méthodes mises en jeux, le sont également dans leur objectif d’étude :

- mécanismes macro-évolutifs (polyploïdie et spéciation) pour la première approche qui est indirecte (synchronique) et

- mécanismes micro-évolutifs (domestication et adaptation) pour la deuxième approche qui est directe (allochronique).

L’intégration des deux approches permettra potentiellement de mettre en évidence l’impact d’événement anciens (tels que la polyploïdie) sur l’évolution récente des espèces modernes (par l’exemple l’adaptation aux contraintes).

Contact : Jérôme Salse(PaleoEVO)

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Pont C, Leroy T, Seidel M, Tondelli A, Duchemin W, Armisen D, Lang D, Bustos-Korts D, Goué N, Balfourier F, Molnar-Lang M, Lage J, Kilian B, Özkan Hakan, Waite D, Dyer S, WHEALBI consortium, Russell J, Keller B, Van Eeuwijk F, Spannagl M, Mayer KFX, Waugh R, Stein N, Cattiveli L, Haberer G, Charmet G, Salse J.

Tracing the ancestry of modern bread wheats.

NATURE GENETICS. https://doi.org/10.1038/s41588-019-0393-z

Cet article présente le séquençage des gènes (plus précisément l’exome) de 487 blés diploïdes, tétraploïdes et hexaploïdes issus de 68 pays permettant de retrace l’évolution des blés modernes depuis leur origine. Ces données établissent que les blés modernes sont issus d’une évolution réticulée, c'est-à-dire impliquant de nombreuses hybridations (ou flow de gènes) entre blés diploïdes, tétraploïdes et hexaploïdes, avec T. dicoccoides étant l’espèce actuelle la plus proche du progéniteur des blés tétraploïdes dont le descendant T. durum a donné naissance au blé hexaploide T. aestivum. par hybridation avec A. tauschi. L’origine des blés modernes dans le croissant fertile il y a 10000 à 12000 ans s’est suivi par une migration est-ouest suivant les routes principales connues de la colonisation de l’agriculture sur le contiennent européen. La domestication, et plus récemment la sélection, a provoqué une perte de diversité qui a impacté différemment les compartiments génomiques ainsi que les gènes connus de la domestication donnant un rachis solide et des grains nus ou les gènes de la sélection comme la hauteur de la plante et la réponse à la photopériode.

Contact : Jérôme Salse(PaleoEVO)