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Site internet de l'UMR454 MEDIS

Unité de Recherche Microbiologie

Les recherches

Les recherches sont conduites au sein de deux équipes de recherches.

1. Adaptation des Bactéries aux environnements Digestif et Alimentaire (BaDiAl)

Les Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables de toxi-infections alimentaires pouvant conduire à des pathologies graves. L’objectif est de mieux connaître l'écologie et la physiologie des EHEC dans leur environnement : le réservoir naturel à savoir le tractus gastro-intestinal du ruminant et les aliments. Dans ce contexte, il est fondamental de considérer la pathosphère, dont les microorganismes des environnements digestif et alimentaire avec lesquels les EHEC peuvent interagir. Des stratégies de luttes basées sur le développement de probiotiques chez l’animal et sur l’interaction avec des bactéries telles les staphylocoques à coagulase negative dans l’environnement agroalimentaire sont considérées.

2. Microbiote intestinal : Fonctions et impacts sur la nutrition et la santé de l’hôte (Minhos)

Le microbiote intestinal est un acteur important de notre santé. De nombreux déséquilibres au sein de cet écosystème microbien ont en effet été démontrés dans diverses pathologies digestives et métaboliques. L’objectif majeur de nos travaux de recherche est de mieux comprendre les mécanismes qui régissent les états d’équilibre et de déséquilibre des populations microbiennes au sein du microbiote et d’en déterminer les répercussions potentielles sur la nutrition et la santé de l’hôte. La compréhension de ces mécanismes devrait, à terme, permettre de proposer des solutions préventives ou thérapeutiques nouvelles. Nos recherches sont plus particulièrement focalisées sur les pathologies fonctionnelles digestives (troubles fonctionnels intestinaux) et les pathologies infectieuses à E. coli entérohémorragiques (EHEC).

Les recherches sont conduites avec l’appui de services communs :

  • le plateau technique expérimental animal dédié aux rongeurs (conventionnel, axénique ou gnotobiotique) qui permet l’étude de l’activité des microorganismes in situ, de leur interaction avec l'hôte ainsi que leur pathogénicité
  • le plateau technique de microscopie donnant accès à des techniques de microscopie à épifluorescence ou électronique
  • le secrétariat.

Les recherches de l’Unité sont conduites dans le cadre de partenariat régional, national et international.
Sur le plan régional, l'Unité est rattachée au Centre de Recherches en Nutrition Humaine (CRNH) de Clermont-Ferrand, à la Structure Fédérative de Recherche Santé Auvergne et au Pôle de Compétence Rhône-Alpes-Massif-Central. Elle est membre de l’Institut de Recherches en Pharmabiotiques (Cluster d'Excellence régional) et de la Filière Biofilm qui regroupent des instituts publics et des partenaires privés. Elle collabore avec des équipes du CHU (Service d'hépato-gastro-entérologie), de l'Université d'Auvergne, de VetAgro Sup et des unités Inra (UMR UNH, QuaPA et LRF).
Sur le plan national, des collaborations avec des équipes INRA (Toulouse, Paris, Rennes), du CIRAD (Montpellier) et du CNRS (Marseille) sont développées. L’Unité est membre de plusieurs réseaux : Réseau National Biofilm, Réseau INRA Staphylococcus, Nutrition et Ecosystèmes Microbiens Digestifs, MassProt’INRA, Société Française de Microbiologie, Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique et Club NO.
Sur le plan international, l’Unité collabore de longue date avec le Canada (Université de Montréal) ainsi qu’avec l’Ecosse (Rowett Institute for Nutrition and Health, Université d’Aberdeen) et co-organise dans ce cadre tous les deux ans un symposium sur la microbiologie des écosystèmes digestifs.
A côté de ce partenariat académique, l’Unité entretient un partenariat fort avec les sociétés privées en particulier avec la société LALLEMAND SA et les Centres Techniques ACTIA.
Chaque activité a par ailleurs des partenariats privilégiés.